Másrészt azimmunrendszerre felelős a szervezet védelméért a fertőzésekkel, vírusokkal és idegen anyagokkal szemben. Különböző szerveket, sejteket és molekulákat foglal magában, amelyek együttműködnek a káros anyagok felismerésében, megtámadásában és eltávolításában.
Ezért a pajzsmirigy jelenléte vagy hiánya nem befolyásolja közvetlenül az immunrendszer működését. Mind a pajzsmirigy, mind az immunrendszer elengedhetetlen az általános egészség és jólét különböző aspektusaihoz.