A botulizmus hatással van az idegrendszerre, különösen a neuromuszkuláris csomópontokra, ahol az idegek az izmokhoz kapcsolódnak. Megzavarja a jelek továbbítását az idegektől az izmok felé, ami izomgyengeséghez és potenciálisan bénuláshoz vezet. Ez komoly hatással lehet a légzésre, a mozgásra és más testi funkciókra.