Melléktermék-felhalmozás :Az anaerob légzés során a glükóz nem teljes lebontása salakanyagok felhalmozódásához vezet, mint például a tejsav (intenzív edzés során az izmokban) vagy az etanol (az élesztőben az erjedés során). Ezek a melléktermékek negatívan befolyásolhatják a sejtműködést, és további energiát igényelhetnek eltávolításukhoz vagy átalakulásukhoz.
Alacsonyabb energiahozam :Az aerob légzéshez képest az anaerob légzés lényegesen kisebb mennyiségű adenozin-trifoszfátot (ATP) termel. Ennek az az oka, hogy a glükóz tökéletlen lebomlása kevesebb ATP-molekulát termel glükózmolekulánként, mint az aerob légzés teljes lebomlása.
Korlátozott időtartam :Az anaerob légzés csak korlátozott ideig képes fenntartani a szervezetet. A salakanyagok felhalmozódása és az energiatartalékok kimerülése végül szükségessé teszi az aerob légzéshez való visszatérést, különben a szervezet sejtműködési zavarokat és halált tapasztal.
Külső elektronelfogadóktól való függés :Az anaerob légzéshez külső elektronakceptorok, például szulfát, nitrát vagy fumarát jelenléte szükséges, hogy megkönnyítsék az elektronok átvitelét a folyamat során. Ha ezek az elektronakceptorok nem állnak rendelkezésre, vagy kimerültek, anaerob légzés nem jöhet létre.