A bubópestis tünetei általában 2-7 nappal a fertőzött bolha csípése után kezdődnek. Egyes esetekben a tünetek legfeljebb 14 napig jelentkezhetnek. A bubópestis tünetei a következők:
* Láz és hidegrázás
* Fejfájás
* Izomfájdalmak
* Gyengeség
* Hányinger és hányás
* Hasmenés
* Duzzadt és fájdalmas nyirokcsomók (buboy)
A bubók általában az ágyékban, a hónaljban vagy a nyakban helyezkednek el. Nagyon fájdalmasak lehetnek, és kiüríthetik a gennyet. Súlyos esetekben a buboék megfertőződhetnek, és szepszishez vezethetnek.
A bubópestis tünetei több hétig is eltarthatnak. Egyes esetekben a pestis átterjedhet a véráramba, ami szeptikus pestist okoz, vagy a tüdőbe, tüdőpestis kialakulásához. A pestis mindkét formája súlyosabb, mint a bubópestis, és halálos lehet, ha nem kezelik azonnal.