Míg néhány baktérium átmenetileg életképes maradhat desztillált vízben, növekedésük és szaporodásuk erősen korlátozott az alapvető tápanyagok hiánya miatt. Idővel a baktériumok alvóvá válnak, vagy végül elpusztulnak.
Érdemes azonban megjegyezni, hogy a desztillált víz szennyeződhet, ha külső baktériumforrásoknak van kitéve, például a nem megfelelő kezelés vagy a szennyezett felületekkel való érintkezés következtében. Ilyen esetekben bizonyos típusú baktériumok életben maradhatnak, sőt elszaporodhatnak, különösen, ha a vizet nem megfelelően tárolják.
A desztillált víz biztonsága érdekében elengedhetetlen a megfelelő tárolási és kezelési eljárások követése. Ez magában foglalja a desztillált víz tiszta és sterilizált tartályokban való tárolását, a potenciális szennyezőforrásokkal való érintkezés elkerülését és azonnali felhasználását. Ezenkívül fontos megjegyezni, hogy a desztillált víz nem helyettesíti a steril vagy tisztított vizet a szigorú mikrobiológiai ellenőrzést igénylő alkalmazásokban.