Két nehézséget okoz az indikátorszervezetek használata a vízminőség értékelésére. Először is, az indikátor organizmusok hiánya nem feltétlenül jelenti a kórokozók hiányát. Ez akkor fordulhat elő, ha számos olyan kórokozó van jelen, amelyet az indikátor organizmusok nem mutatnak ki, vagy ha az indikátor szervezetek nincsenek jelen a mintavétel időpontjában. Másodszor, az indikátor organizmusok jelenléte nem feltétlenül jelzi a kórokozók jelenlétét. Ez akkor fordulhat elő, ha az indikátor organizmusok nem kapcsolódnak közvetlenül a kérdéses kórokozóhoz, vagy ha az indikátor organizmusok ellenállóbbak a környezeti feltételekkel szemben, mint a kérdéses kórokozó.