A diftéria elleni vakcina nem okoz diftériát, de mellékhatásokat okozhat. A diftéria elleni vakcina mellékhatásai közé tartozik az injekció beadásának helyén fellépő fájdalom, duzzanat és bőrpír, valamint láz, fejfájás és izomfájdalmak. Ezek a mellékhatások általában enyhék, és néhány napon belül elmúlnak. Ritka esetekben a diftéria elleni vakcina súlyos allergiás reakciót, az úgynevezett anafilaxiát okozhat. Ez egy egészségügyi vészhelyzet, amely életveszélyes lehet. Ha az anafilaxia bármely tünetét észleli, mint például légzési nehézség, az arc vagy a torok duzzanata vagy csalánkiütés, azonnal forduljon orvoshoz.