Skorbut: A C-vitamin hiánya miatt ez az állapot ínyvérzéshez, bőrelváltozásokhoz és végül halálhoz vezetett, ha nem kezelik. A kalózok táplálékuk nagy részét hosszú tengeri utakon szerezték be, és gyakran hiányoztak a friss gyümölcsök és zöldségek, így sebezhetővé váltak a skorbuttal szemben.
Dizentéria: A baktériumok vagy paraziták által okozott súlyos bélfertőzés, a vérhas olyan tünetekhez vezetett, mint a hasmenés, hasi fájdalom és láz. A megfelelő higiénia hiánya, a szennyezett élelmiszerek és a tiszta vízhez való korlátozott hozzáférés a hajókon hozzájárult a vérhas terjedéséhez a kalózok között.
Sárgaláz: A szúnyogok által terjesztett vírusfertőzés lázat, hányást és sárgaságot okozott. Gyakori volt azokon a trópusi területeken, ahol kalózok gyakran vitorláztak, és magas halálozási aránya miatt jelentős veszélyt jelentett a kalózok legénységére.
Tífusz: A Salmonella typhi baktérium által okozott tífusz hosszan tartó lázat, gyengeséget és gyomor-bélrendszeri tüneteket okozott. A kalózhajókon uralkodó egészségtelen körülmények, valamint a rossz higiéniai gyakorlat elősegítette a tífusz terjedését.
Malária: A nőstény Anopheles szúnyogok által terjesztett malária ismétlődő lázrohamokat, hidegrázást és fáradtságot okozott. A maláriával fertőzött régiókban tevékenykedő kalózok állandó kockázattal szembesültek, hogy elkapják a betegséget.
Kolera: Az elsősorban szennyezett vízen keresztül terjedő bakteriális fertőzés, a kolera súlyos hasmenést és kiszáradást okozott. Amikor megfertőződtek, a kalózok rendkívüli gyengeséget tapasztaltak, és gyorsan cselekvőképtelenné válhattak.
Nemi betegségek: A kalózok gyakori szexuális tevékenységet folytattak, gyakran helyi prostituáltakkal, így sebezhetővé váltak a nemi úton terjedő betegségek, például a szifilisz és a gonorrhoea ellen. Megfelelő orvosi kezelés hiányában ezek a betegségek súlyos szövődményekhez vezethetnek.
Tuberkulózis: A közönséges nevén fogyasztás vagy phthisis, a tuberkulózis a tüdőt érintette, köhögést, lázat és fogyást okozott. Könnyen elterjedt közelről, így általános veszélyt jelent a kalózok legénységére.
Ezek a betegségek állandó kihívást jelentettek a kalózok egészsége és túlélése szempontjából. A megfelelő orvosi ellátáshoz való hozzáférés hiánya fáradságos életmódjukkal párosulva rendkívül kiszolgáltatottá tette őket ezekkel a betegségekkel szemben.