Az agyi ciszta tünetei a ciszta méretétől, helyétől és típusától függően változhatnak. Néhány gyakori tünet a következők lehetnek:
Fejfájás
Rohamok
Hányinger és hányás
Lásási problémák
Hallási problémák
Egyenlegproblémák
Gyengeség vagy zsibbadás a test egyik oldalán
Zavart
Memóriavesztés
Beszédbeli nehézség vagy beszédértés
Egyes esetekben az agyciszta nem okoz semmilyen tünetet, és véletlenül felfedezhető az agy MRI- vagy CT-vizsgálata során.