Az emberi agy mérete egyénenként jelentősen eltér, és nincs egyértelmű különbségtétel, amely kizárólag az autizmus jelenléte alapján történik. Az agy mérete és szerkezete az autizmussal élők között nagy eltéréseket mutat, de ezek a különbségek nem következetesek, és az általános populációban is megtalálhatók. Az agy fejlődését és méretét különféle tényezők befolyásolják, mint például a genetika, a környezet és az egyéni tapasztalatok, nem pedig közvetlenül az autizmus.
