Mikroszkóp alatt a mikroorganizmusokat festékekkel meg lehet festeni, hogy javítsák láthatóságukat és tanulmányozzák szerkezetüket. Különböző típusú foltok kötődhetnek a mikroorganizmusok meghatározott komponenseihez, mikroszkóp alatt láthatóvá téve azokat. Például a Gram-festés egy gyakori technika, amely megkülönbözteti a Gram-pozitív baktériumokat (amelyek lilának tűnnek) a Gram-negatív baktériumoktól (amelyek vörösnek tűnnek).
Fontos azonban megjegyezni, hogy az összes csírához egyetlen szín hozzárendelése tudományosan nem pontos, mivel mikroorganizmusok széles skáláját foglalják magukban, beleértve a baktériumokat, gombákat, vírusokat, protozoonokat és még sok mást. Ezeknek az élőlényeknek a színe fajuktól és jellemzőiktől függően igen eltérő lehet.